Государственную автоматизированную систему «Выборы» охраняют силовые структуры. Безопасность помещений и сохранность аппаратуры обеспечивают сотрудники ФСБ и МВД. На выборах Госдумы шестого созыва электронные устройства для голосования впервые использовались во всех субъектах федерации. С помощью комплексов обработки избирательных бюллетеней могут проголосовать более 8 миллионов избирателей. Однако, защищенность системы ГАС «Выборы» вовсе не означает отсутствие фальсификаций, говорит директор Международного института политической экспертизы и политтехнолог Евгений Минченко:

«Практика показывает, что работают и «карусели», и подкуп, и просто административный нажим при голосовании. Но самое эффективное — это фальсификация протоколов участковых избирательных комиссий. Практика показывает, что если и прибегают к фальсификациям, то именно это и есть самое уязвимое место. Просто делают другой протокол. Если есть жесткое наблюдение, то, конечно, это сделать гораздо сложнее. Там, где слабое наблюдение, или оно где вообще отсутствует, обычно там это и делают».

«Карусель» — это когда заранее подготовленные так называемые «избиратели» выносят с участка бюллетени и заполняют их голосами за нужных кандидатов, а следующие избиратели бросает их в урну. «Виртуальная» фальсификация означает, что комиссии закрывают глаза на явку избирателей и на количество голосов, а пишут в них нужные цифры. Президент Фонда эффективной политики Глеб Павловский обращает внимание на то, что система ГАС «Выборы» необходима только на последней стадии учета голосов:

«Вы понимаете, всё, что создано людьми, людьми же может быть легко и испорчено. Ну а причем здесь ГАС «Выборы», в ГАС «Выборы» это поступает уже в самом конце, когда, так сказать — вводятся итоговые протоколы. Очень мало участков, которые непосредственно компьютеризированы».

Передача данных об итоговых протоколах местных комиссий защищена криптографическими методами. В результате получается, что использовать систему ГАС «Выборы» для прямой фальсификации — очень сложно. Если вообще возможно. Основные же нарушения и фальсификации возможны задолго до того, как к подсчету подключается электроника.